簡化甲基化測序

評估CpG甲基化水平

產品簡介

簡化甲基化測序(Reduced representation bisulfite sequencing,RRBS)主要針對CpG富集的區域的甲基化研究方法,它依據限制性內切酶酶切手段將DNA酶切成小片段,選取特定片段大小的序列進行重亞硫酸鹽測序分析,旨在評估CpG甲基化水平。

實驗流程圖

簡化甲基化生物信息分析流程

根據甲基化位點在參考基因組上的位置以及參考基因組上的基因位置信息,可以得到區域或者位點在基因組發生的區域(Promoter區、genebody區、downstream區等)每個區域分為20個bin統計基因組的基因不同區甲基化水平,計算方法分為fraction/mean/weight?methylation level。這里設定基因前2K范圍為Promoter區,下游2K為downstream區;同時利用RepeatMasker預測的repeat區以及基因注釋文件對甲基化位點進行注釋。輸出結果見下圖:

相關問題

簡化甲基化測序有哪些技術優勢?

多樣本的覆蓋區域重復性高;

可達到單堿基分辨率;

性價比高,

主要針對CpG富集的區域的甲基化研究方法。

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