ONT RNA 甲基化

無需與特異性抗體結合,得到RNA上的甲基化修飾。

產品介紹

mRNA最常見的內部修飾包括N6-腺苷酸甲基化(m6A)、N1-腺苷酸甲基化(m1A)、胞嘧啶羥基化(m5C)等。RNA甲基化修飾6mA是指RNA分子腺嘌呤第 6 位氮原子上的甲基化修飾,是mRNA上最豐富的甲基化修飾, 占到RNA甲基化修飾的80%。 RNA上不同修飾的堿基在通過Nanopore納米孔通道時造成的阻礙大小不同,產生具有特征的電流信號。通過對這些信號進行實時監測,則可獲取相應的堿基類型,及其是否攜帶堿基修飾!也就是說Nanopore測序可以無需與特異性抗體結合,得到單堿基分辨率下RNA上的甲基化修飾。

實驗流程

分析流程

產品優勢

長讀長

理論上Nanopore技術的測序平均讀長能夠達到幾十到上百 Kb,最長讀長能達到2 Mb以上級別;

無需打斷

利于全長轉錄本定量及可變剪切檢測等;

低成本

相比其他三代測序技術,ONT測序樣本處理極其簡單,無需DNA聚合酶、連接酶和dNTPs,測序價格低;

不進行PCR擴增

避免二代測序中PCR擴增可能引入的錯誤;

檢測能力

可直接跨越串聯重復序列、高GC/AT序列、高度多態性區域、高度同源區域等特殊區域,檢測能力大大優于二代測序;

可直接讀取堿基修飾信息

如甲基化修飾m5C、m6A等,無須像二代測序需要經過重硫酸鹽轉化或者免疫沉淀富集實驗。

產品應用

基因結構研究

包括可變剪接、APA、融合基因、SSR、CDS預測、TSS/TES鑒定等

基因功能研究

側重于解決攜帶特定功能的組織,以期揭示導致不同功能的主要原因

全長轉錄本定量研究

無需結合二代轉錄組數據,即可實現轉錄本水平的定量從而找到全面有效的差異轉錄本,鑒定功能基因

等位基因特異性表達分析

等位基因表達非均等,基因組信息相同而表型不同樣本之間可能發生了單等位基因隨機表達,等位基因特異表達是癌癥重要特征之一。

RNA甲基化

基于RNA樣本不擴增直接全長轉錄組測序,可以檢測RNA水平的堿基修飾,如m6A

方案思路設計

研究RNA甲基化修飾過程中的參與者分子在疾病或某一生命過程中的功能。

揭示疾病或者某一生命過程中RNA甲基化修飾的變化,即揭示疾病特異性m6A RNA甲基化圖譜。

揭示疾病或者某一生命過程中特定RNA甲基化修飾與疾病的關系。

鑒定參與RNA甲基化修飾的新分子,或者建立研究RNA甲基化修飾的新方法。

結果展示

?轉錄本甲基化水平的小提琴圖

繪制所有樣品檢測到的不同位點的甲基化水平分布,橫坐標為樣品,縱坐標為甲基化水平,不同顏色代表不同樣品

甲基化水平相關性

對所有樣品檢測到的位點甲基化水平進行相關性分析,可反映不同樣品之間甲基化水平的相關性強弱。

差異甲基化位點統計

對不同差異分組的差異甲基化位點Differential methylation loci,DML)進行分析,并指出高甲基化/低甲基化的DML數目。

差異甲基化位點聚類

對篩選出的差異甲基化位點進行聚類分析

常見問題

什么是甲基化水平甲基化

這里轉錄本的甲基化水平定義為該轉錄本上所有位點的甲基化水平的均值。

RNA的修飾過程中有哪些分子參與?

a、Writers:將甲基化修飾“寫入”RNA,即介導RNA的甲基化修飾過程。最常見的分子是METTL3和METTL14,兩者可在體外和體內催化mRNA(和其他細胞核RNA)的m6A甲基化。WTAP是這種甲基轉移酶復合體中的另一個關鍵組分。

b、Erasers:將RNA甲基化修飾信號“擦除”,即介導RNA的去甲基化修飾過程。FTO和ALKBH5可以去除mRNA(和其他細胞核RNA)上的m6A甲基化。

c、Readers:“讀取”RNA甲基化修飾的信息,并參與下游RNA的翻譯、降解等過程。比如具有YTHDF結構域的蛋白能夠識別并結合mRNA中的m6A,而這種結合會減少mRNA的半衰期促使其降解。

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