Pore-C技術

直接測量細胞內同時相互作用的多個DNA區域互作信息

產品簡介

 

Pore-C是指將染色質構象捕獲技術與Nanopore長讀長測序技術結合,無需擴增直接檢測多向染色質交互信息的一種新技術。該技術除了像Hi-C一樣能確定成對基因組結構,還可以直接測量細胞內同時相互作用的多個DNA區域互作信息(higher-order)。

Pore-C技術原理

 

通過甲醛將基因組DNA與組蛋白交聯,保持相互作用位點的空間鄰近性。鄰近連接后進行限制性酶切。將交聯、相互作用的片段連在一起,這些片段經過大小選擇和文庫制備后基于Nanopore測序平臺進行長片段測序。

Pore-C reads與參考基因組比對,以標識單獨的對齊;篩選每個比對序列,保留橫跨大部分序列的最小片段合集。通過參考序列模擬酶切,將每個序列部分指定到一個限制性片段。將與Pore-C序列相關聯的對齊集稱為多向(multi-way)連接,并將與連接關聯的片段數作為其順序。

Pore-C技術特點

擁有更鄰近的空間連接
與SPRITE相比具有更高的效率與保真度
可直接測量細胞內同時相互作用的多個DNA區域互作信息
無需擴增,可同時分析DNA甲基化等修飾信息

應用方向

獲得全基因組染色體連接圖譜,輔助基因組組裝及染色體掛載

染色體三位結構互作分析,反映組合染色質狀態

完成跨越多個Mbp及染色體的復雜和非整倍體重排等位基因的重建

甲基化修飾與染色體結構關系研究等

28
Pore-C輔助基因組組裝
27
Pore-C解析染色體三維結構

Pore-C輔助基因組組裝優勢

單一個體可完成分析

擁有更多的互作信息,更易區分等位基因

可識別并矯正錯配基因組

有效提升基因組組裝連續性

29
Pore-C發現潛在的錯誤組裝
30
Pore-C識別等位基因
31
Pore-C改善基因組組裝連續性

百邁客PoreC技術優勢

國內Pore-C技術領航者

擁有專業的染色質構象捕獲技術團隊

具有豐富的物種研究經驗

案例展示

案例一、

研究者初步組裝了水稻Azucena品種基因組,包含527個contigs,contigN50為3.7Mb,并使用30 Gb(~75x)的Pore-C reads進一步增加組裝的連續性。組合后的ScaffoldN50≥29.6 Mb(圖a)。獲得的最大的12個scaffolds接近參考基因組整個染色體的長度。圖b c、d e分別顯示使用Pore-C數據搭建前后的dot-plot和contact map,圖中可知基因組得到明顯優化。

32
研究結果來自Nanopore官網

案例二、

研究者使用130 Gb Nanopore reads組裝了人類基因組NA24385,contigN50達到10.4 Mb,并通過使用Pore-C進行scaffolding,進一步提高了人類基因組組裝的連續性,使得scaffoldN50高達98.6 Mb。加入Pore-C之前可以看到許多非對角線特征,表明裝配不是最佳的(圖c, Chr. 4所示)。在Pore-C搭建之后,得到了一個更優的裝配,僅三個scaffold變覆蓋整條染色體。

33
Netha U et al.,Biorxiv.2019;圖片源自Nanopore官網
快手上劈砖头能赚钱吗 股票配资手续费 贵州11选5大小走势图 湖北十一选五开奖走势图 极速快3是不是骗局 股市在线直播 天津快乐十分技巧 广西七乐彩开奖结果 湖北十一选五购买 黑龙江11选5走势图手机版 中国配资网站